Git es muy cuidadoso con la integridad de los datos. Por eso, no permite hacer rebase de un servidor remoto así como así. Si permitiera hacer un rebase en el servidor y otro usuario estuviera trabajando con una de las ramas que intervienen en ese rebase, podrían duplicarse commits. Esto está bastante bien explicado en este documento.

El caso es si quieres usar esta tecnica para manejar webs configurables desde un servidor centralizado (bastante lógico) vas a tener que tener en cuenta 2 cosas:
1) cuando hagas el rebase local tendrás que crear una rama por cada configuración:
git checkout origin/versionA
git rebase master
git branch versionA
2) cuando hagas el push para que no te la rechaze tendras que forzar los cambios:
git push –all -f

Por lo demas, todo sigue igual.